2014-04-13 09:14:15
Η Intel Corporation και το Ινστιτούτο Broad ανακοίνωσαν εντυπωσιακές βελτιώσεις στο χρόνο που απαιτείται για την ανάλυση των γενετικών πληροφοριών και τον εντοπισμό γενετικών παραλλαγών που σχετίζονται με ιατρικές παθήσεις. Με τη βελτιστοποίηση της τελευταίας έκδοσης 3.1 του Toolkit Ανάλυσης Γονιδιώματος (GATK) του Broad για Intel® Advanced Vector Extensions (Intel® AVX) σε servers που βασίζονται σε επεξεργαστές Intel® Xeon®, η Intel και το Ινστιτούτο Βroad ήταν σε θέση να επιτύχουν τρεις με πέντε φορές συνολική βελτίωση στην ανακάλυψη πολυμορφισμών για την αντιμετώπιση των προκλήσεων της έρευνας και για την επιτάχυνση της ανακάλυψης Αυτές οι βελτιώσεις επιτρέπουν σε ένα ολόκληρο γονιδίωμα να αναλύεται, πλέον, εντός μίας ημέρας, αντί τριών ημερών.
Μαζί με τις νέες μεθόδους, το GATK 3.1 μπορεί πλέον να αναλύσει τα σύνολα δεδομένων που αποτελούνται από δεκάδες χιλιάδες δείγματα DNA – γεγονός που αντιστοιχεί σε βελτίωση κατά εκατό φορές σε σχέση με ό, τι ήταν προηγουμένως εφικτό.
Η βελτιωμένη ταχύτητα για τέτοιου τύπου ανάλυση σε μεγάλες μελέτες συσχέτισης θα βοηθήσει ώστε να τεθούν σε λειτουργία οι νέες ιατρικές εξελίξεις, που παλαιότερα ήταν αδιανόητες, για ασθένειες όπως ο καρκίνος, οι νευροεκφυλιστικές παθήσεις και η καρδιαγγειακή νόσος. «Μέσα από αυτή την αξιοσημείωτη συνεργασία με την Intel, είμαστε σε θέση να μειώσουμε σημαντικά το χρόνο εκτέλεσης για το variant caller - ένα από τα βασικά εργαλεία στο πλαίσιο του GATK,» δήλωσε ο Eric Banks, Group Leader της Ανάλυσης και Αλληλουχίας του Γονιδιώματος στο Ινστιτούτο Broad. «Προσβλέπουμε στη συνέχιση της συνεργασίας μας με την Intel για τη βελτίωση της ποιότητας και της απόδοσης του περιβάλλοντος GATK συνολικά, ώστε να ωφεληθούν άνθρωποι σε όλο τον κόσμο.»
Freegr network blog- News about pc, technology.
freegr
Μαζί με τις νέες μεθόδους, το GATK 3.1 μπορεί πλέον να αναλύσει τα σύνολα δεδομένων που αποτελούνται από δεκάδες χιλιάδες δείγματα DNA – γεγονός που αντιστοιχεί σε βελτίωση κατά εκατό φορές σε σχέση με ό, τι ήταν προηγουμένως εφικτό.
Η βελτιωμένη ταχύτητα για τέτοιου τύπου ανάλυση σε μεγάλες μελέτες συσχέτισης θα βοηθήσει ώστε να τεθούν σε λειτουργία οι νέες ιατρικές εξελίξεις, που παλαιότερα ήταν αδιανόητες, για ασθένειες όπως ο καρκίνος, οι νευροεκφυλιστικές παθήσεις και η καρδιαγγειακή νόσος. «Μέσα από αυτή την αξιοσημείωτη συνεργασία με την Intel, είμαστε σε θέση να μειώσουμε σημαντικά το χρόνο εκτέλεσης για το variant caller - ένα από τα βασικά εργαλεία στο πλαίσιο του GATK,» δήλωσε ο Eric Banks, Group Leader της Ανάλυσης και Αλληλουχίας του Γονιδιώματος στο Ινστιτούτο Broad. «Προσβλέπουμε στη συνέχιση της συνεργασίας μας με την Intel για τη βελτίωση της ποιότητας και της απόδοσης του περιβάλλοντος GATK συνολικά, ώστε να ωφεληθούν άνθρωποι σε όλο τον κόσμο.»
Freegr network blog- News about pc, technology.
freegr
ΜΟΙΡΑΣΤΕΙΤΕ
ΔΕΙΤΕ ΑΚΟΜΑ
ΠΡΟΗΓΟΥΜΕΝΟ ΑΡΘΡΟ
ΤΑ ΕΛΛΗΝΙΚΑ ΤΑΧΥΔΡΟΜΕΙΑ ΤΙΜΟΥΝ ΤΗ ΜΕΓΑΛΗ ΑΠΕΡΓΙΑ ΤΗΣ 14ης ΑΠΡΙΛΙΟΥ 1942
ΕΠΟΜΕΝΟ ΑΡΘΡΟ
Ντράγκι: Η Ελλάδα δεν πρέπει να χαλαρώσει
ΣΧΟΛΙΑΣΤΕ
